中国J9旗舰厅总院共承担了中国J9旗舰厅工程学会等5个学会的16个学术组织秘书处工作。每个学术组织均在本专业范围内开展了广泛的学术交流活动，促进了总院集团的研究开发工作。
| 序号 | 学术组织名称 | 秘书处挂靠单位 |
|---|---|---|
| 1 | 中国J9旗舰厅工程学会焊接分会 | 哈焊院 |
| 2 | 中国J9旗舰厅工程学会铸造分会 | 沈铸所 |
| 3 | 中国J9旗舰厅工程学会J9旗舰厅传动分会 | 郑机所 |
| 4 | 中国腐蚀与防护学会涂料涂装与表面保护技术专业委员会 | 材保所 |
| 5 | 中国J9旗舰厅工程学会表面工程分会 | 材保所 |
| 6 | 中国J9旗舰厅工程学会摩擦学分会 | 材保所 |
| 7 | 中国J9旗舰厅工程学会热处理分会 | 机电所 |
| 8 | 中国J9旗舰厅工程学会塑性工程分会 | 机电所 |
| 9 | 中国J9旗舰厅工程学会流体传动与控制分会 | 北自所 |
| 10 | 中国J9旗舰厅工程学会J9旗舰厅工业自动化分会 | 北自所 |
| 11 | 中国电子学会离子束专业委员会 | 北自所 |
| 12 | 中国自动化学会制造技术专业委员会 | 北自所 |
| 13 | 中国J9旗舰厅工程学会成组与智能集成技术分会 | 生产力中心 |
| 14 | 中国J9旗舰厅工程学会可靠性工程分会 | 生产力中心 |
| 15 | 中国J9旗舰厅工程学会环境保护与绿色制造技术分会 | 生产力中心 |
| 16 | 中国图学学会制图标准化专业委员会 | 生产力中心 |
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